南通城市博物馆地处南濠河黄金地段，与著名的南通博物苑隔河相望。由两院院士吴良镛先生和建筑大师何玉如先生亲自主持设计。2005年8月2日，江苏省第一座城市博物馆——南通城市博物馆在该市建成并部分对外开放。南通被誉为“中国博物馆之城”。
博物馆分为东、西两馆，东馆为两幢近代历史建筑改建整修而成，新建的西馆总面积13500平方米。城市博物馆采取馆中馆的形式，西馆设中国近代第一城展览馆、南通规划馆、精品人居馆、建筑成就馆。东馆将开设个人收藏馆、中国近代第一城全盛缩微馆和南通名人雕塑馆。西馆底层为“近代第一城”展览馆。通过场景复原展示南通城市发展历史及“近代第一城”城市建设、实业、文化、教育等成就。
城市博物馆突出参与性、互动性和通俗性。运用声光电及多媒体虚拟现实手段集中设立互动厅，有千里眼看南通、畅游南通等八个多媒体互动项目。在各展厅结合展示内容分别设置了总体规划模型互动、幻影成像等十多项互动项目。
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